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概述
DRAGEN(Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT生物信息分析平臺是全球首款專門用于分析NGS數據的處理器,其超強的性能可以將基因組數據處理縮小到一塊芯片上,裝在一個臺式電腦那么大的服務器中。DRAGEN問世后被著名生命科學期刊《科學家》(The Scientist)評為2014年全球十大創新技術的第一名。
系統

福彩双色球重号走势图 www.gbofnb.com.cn 極速
FPGA將算法實現于邏輯電路中,可即時完成計算,輸出結果。因此,DRAGEN可在20分鐘內完成一個人類基因組的30X序列分析,而使用傳統的以CPU為基礎的系統,則需要至少20小時才能完成。


精準
DRAGEN的設計充分考慮了如何消除偏好及其他來源的誤差,確保全面保持高精度。目前DRAGEN流程中已包含檢查和校準以提升結果可靠性,如GC偏好校正。在最近一期Precision FDA變異識別挑戰的六項精度指標中,DRAGEN獲得了五項第一。


靈活
本地和云端的解決方案使用戶非常方便得到DRAGEN的服務。用戶可以在本地部署,也可以選擇我們在云端服務領域處于領先地位的合作伙伴,還可以在兩者間安全傳輸數據,使用兩者相結合的混合云。


節省
一臺DRAGEN設備可以替代80臺傳統計算設備,降低本地部署投入。整合G3壓縮技術,DRAGEN可以有效壓縮用戶數據,降低數據存儲成本。


參數

基于FPGA技術的DRAGEN引擎
DRAGEN引擎能有效解決大數據基因組學兩個關鍵的需求——計算和存儲。DRAGEN為所有重要的基因組學應用提供了可擴展、超快速和低成本的二級分析解決方案,并為基因組數據提供高效率的存儲機制。


DRAGEN平臺提供的超快速計算和高效存儲能力源于核心FPGA技術。由于FPGA具有高度可重構的特性,DRAGEN可以根據需要隨時重新編程,可以在線無縫完成算法的切換更新。這種靈活性使Edico Genome公司能持續完善改進DRAGEN平臺,定期發布新版本供用戶下載。


F1云方案
云端DRAGEN服務目前由亞馬遜云平臺(Amazon EC2) F1云方案承載。得益于Xilinx公司強大的Virtex UltraScale+FPGA架構,F1云方案有能力以硬件加速方式完成包括NGS在內的各類大數據處理。將Edico Genome公司基于FPGA的DRAGEN Bio-IT平臺部署在F1云方案上,可為用戶提供精確、快速、靈活和低成本的云端DRAGEN服務。


流程
應用

DRAGEN胚系分析流程V2+
DRAGEN胚系分析流程V2+ 提供臨床級別從BCL轉化至VCF的全程NGS分析,同時包含先進的誤差模型校準機制,以有效提升精確性。


DRAGEN體細胞分析流程V2
DRAGEN體細胞分析流程包含腫瘤以及腫瘤/正常兩種模式,用于檢測腫瘤樣本中的體細胞變異。


DRAGEN RNA基因融合檢測流程
DRAGEN轉錄組分析流程始于剪接點的發現和比對,進而完成基因融合檢測。
 
DRAGEN聯合基因分型和群體識別流程
DRAGEN聯合基因分型流程算法可以在多基因組比對中識別變異,即便同時處理上千樣本也能快速完成、確保精確。


DRAGEN拷貝數變異分析流程
DRAGEN拷貝數變異(CNV)分析流程可為胚系、體細胞的外顯子以及基因組完成拷貝數變異分析。在最終給出識別結論前,該算法可應用不同級別的過濾器有效降低誤報。


DRAGEN甲基化分析流程
DRAGEN甲基化分析流程提供多種操作模式,包括參考比對和注釋輔助模式。


DRAGEN虛擬長讀長檢測流程
DRAGEN虛擬長讀長(VLRD)檢測流程可以在大片段基因組倍增區域有效識別變異,除此之外只能通過長讀長測序才能識別。


DRAGEN 定位和比對流程
DRAGEN 定位和比對流程可以極速完成外顯子組和基因組的DNA或RNA的定位和比對操作。


GATK最佳實踐流程
GATK最佳實踐流程是Broad研究所的開源GATK4.0單倍型變異檢測功能在DRAGEN上的一個更為高效的版本。
文獻
優惠

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